Émile Duclaux (Aurillac, 24 de junho de 1840 — Paris, 5 de fevereiro de 1904) foi um biólogo e bioquímico francês.
Sucessor de Louis Pasteur na direção do Instituto Pasteur, estudou fermentação e doenças microbianas.
Com Louis Pasteur trabalhou na doença do bicho-da-seda, na fermentação do vinho e na fabricação de cerveja, e na refutação da teoria da geração espontânea da vida. Também esteve envolvido em estudos de combate à filoxera, estudou queijo e composição do leite, tratou de física (capilaridade, etc.), agricultura, higiene médica, química e bacteriologia. Foi autor de uma teoria de capilaridade, na qual assimilou a superfície dos líquidos a uma membrana elástica distendida (1872). O nome das enzimas com a adição comumente usada vem de Duclaux. A importância geral das enzimas reconhecidas por Pasteur na época foi refletida em uma revisão de Duclaux em 1877. Ele escreveu uma biografia de Pasteur e um manual de microbiologia.
Pasteur, histoire d'un esprit, Imprimerie Charaire, 1896
Avant le procès (l'Affaire Dreyfus), P. V., Paris, Stock Éditeur, 1898.
Biography of Emile Duclaux, Pasteur Brewing
Obras de ou sobre Émile Duclaux no Internet Archive
Archives de l'Institut Pasteur (chronological biography)