1539 (MDXXXIX, na numeração romana) foi um ano comum do século XVI do Calendário Juliano, da Era de Cristo, e a sua letra dominical foi E (52 semanas), teve início a uma quarta-feira, terminou também a uma quarta-feira.
19 de Junho - Jordão de Freitas, em carta para o rei, congratulou-se com a fuga dos rumes da Índia.
8 de Julho - Concessão do Papa Paulo III ao rei D. João III de novos limites à Diocese de Goa.
agosto - setembro - O rei Francisco I assina a lei geral que determina o uso da língua materna em todos os documentos oficiais em França. No mesmo documento também se determina que os párocos passem a fazer o registo escrito de todos os baptismos.
3 de Novembro - Nomeação do licenciado Manuel Álvares no cargo de corregedor nas ilhas Açorianas de São Miguel e de Santa Maria.
Pedido do rei D. João III ao Papa Paulo III no sentido de a Ordem de Cristo voltar a exercer o direito de padroado.
07 de Janeiro - Sebastián de Covarrubias, dicionarista, lexicógrafo, criptógrafo e capelão do rei Filipe II de Espanha (m. 1613).
19 de Janeiro - Alexander Elphinstone, filho de Alexander Elphinstone, 2.º Lord Elphinstone (1511-1547) (m. 1584).
29 de Janeiro - Nicolò Donà, 90º Doge da República de Veneza (m. 1618).
13 de Fevereiro - Elisabeth, Landgravina von Hesse, esposa de Ludwig VI, Eleitor do Palatinato (1539-1583) (m. 1582).
25 de Fevereiro - Henrique Howard, 1.º Conde de Northampton (m. 1614).
27 de Fevereiro - Franciscus Raphelengius, publicista e hebraísta holandês (m. 1597).
05 de Março - Christophorus Pezelius, Christoph Bezetus, teólogo e reformador alemão (m. 1604).
09 de Março - Antonio de Aviz, Infante de Portugal, filho de D. João III (1502-1557) e Catarina da Áustria (1507-1578) (m. 1540).
18 de Março - Marie, Condessa de Nassau-Dillenburg, filha de Guilherme de Nassau, O Rico (1487–1559) (m. 1599).
29 de Março - Johannes Fleischer, O Velho, teólogo luterano e humanista alemão (m. 1593).
03 de Abril - Ana de Oldemburgo, filha de Anton I, Conde de Oldemburgo (1505-1573) (m. 1579).
05 de Abril - Jorge Frederico I de Brandemburgo-Ansbach e Regente da Prússia (m. 1603).