Iniciada na noite de 12 de maio de 2006, uma sexta-feira, a onda de atentados contra forças de segurança e alguns alvos civis com origem no estado de São Paulo por ordem do grupo criminoso conhecido como Primeiro Comando da Capital (PCC). No dia 14, o ataque já havia se espalhado por outros estados do Brasil, como Espírito Santo, Paraná, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais e Bahia (este último sem ligação direta com o Primeiro Comando da Capital). Os ataques, que ficaram conhecidos como "Crimes de Maio" e Salve Geral tomaram uma repercussão na mídia brasileira e foram destaque na mídia internacional durante os dias do ocorrido. Em todo o estado, 564 pessoas foram mortas e 110 ficaram feridas entre 12 e 21 de maio de 2006, do quais 505 eram civis e 59 agentes públicos.
No dia anterior ao início dos ataques, a Secretaria da Administração Penitenciária do Estado de São Paulo havia decidido transferir 765 presos para a penitenciária 2 de Presidente Venceslau, unidade de segurança máxima localizada no interior paulista, depois que escutas telefônicas terem revelado que facções criminosas planejavam rebeliões para o Dia das Mães daquele ano. Entre os presos a serem transferidos estava Marcos Willians Herbas Camacho, o "Marcola", considerado o líder do Primeiro Comando da Capital. Em represália, a facção articulou rebeliões em 74 penitenciárias paulistas e, já na madrugada do dia 12, agentes de segurança pública, viaturas, delegacias de polícia, cadeias e prédios públicos passaram a ser alvo de ataques de criminosos.
O governador do estado de São Paulo, Cláudio Lembo, foi criticado pela imprensa pela demora na resposta, falta de comunicação entre as forças policiais, falta de informação à mídia e à população em geral e gerenciamento da crise. Lembo, havia um mês e meio no poder quando a crise eclodiu, acabou virando pivô de discórdia entre o PSDB, do ex-governador e pré-candidato à Presidência da República, Geraldo Alckmin, e o PFL, partido de Lembo e aliado nas eleições do final do ano. O Governo do Estado de São Paulo também foi criticado pela falta de 'aviso para às forças polícias', já que dias antes a Superintendência da Polícia Federal de São Paulo tinha escutas que alertava sobre a possível rebeliões nos presídios.
Divulgado em maio de 2011, um relatório com um estudo da organização não-governamental (ONG) Justiça Global, a Clínica Internacional de Direitos Humanos e a Faculdade de Direito de Harvard que foi apoiado por outras entidades, apontou que a fúria dos criminosos nos eventos seria devido a um ato corrupção policial.
Os ataques ocorreram na cidade de São Paulo, na Grande São Paulo e no interior do estado. Os 251 ataques registrados no início incluíram rebeliões em 73 presídios, Centro de Detenção Provisória e nove cadeias públicas na capital, Grande São Paulo, interior e litoral do estado. Na noite do dia 14, 53 unidades tinham presos rebelados simultaneamente. Foram registradas tentativas de resgates de presos.
Noventa ônibus foram queimados (51 em São Paulo e os outros na região do ABC, em Osasco e em Campinas) e na terça-feira dia 16 de maio as coisas ficaram tranquilas, mas ainda foi queimado mais um ônibus na tarde da terça feira e na madrugada conflitos com suspeitos.
Nos ataques aos departamentos de polícia, corpo de bombeiros, agências bancárias foram utilizadas granadas, bombas caseiras e metralhadoras. Os principais alvos foram policiais militares, mas guardas municipais, famílias de policiais, seguranças privados e civis também foram alvos dos ataques e ameaças. O transporte coletivo teve muitos dos ônibus das frotas esvaziados e incendiados. Nas rebeliões, os presos destruíram as instalações das unidades prisionais.
Os ataques do Primeiro Comando da Capital continuaram acontecendo com certa constância no ano de 2006, como por exemplo em Bauru. Nas primeiras horas do dia 13 de agosto de 2006, aproximadamente à 0h30, um vídeo enviado para a TV Globo de televisão, gravado em um DVD, foi transmitido, no plantão da emissora, para todo o Brasil. Dois de seus repórteres (O repórter Guilherme Portanova e um auxiliar técnico) haviam sido sequestrados na manhã do dia anterior, um deles (o auxiliar técnico) foi solto, encarregado de entregar um DVD para a TV Globo. Colocada sob chantagem, a emissora transmitiu o vídeo com teor de manifesto. O outro repórter só seria solto após esta transmissão.
No estado de São Paulo, o Primeiro Comando da Capital ameaçou atacar vans, ônibus escolares, grandes colégios privados. No interior, houve ameaças de ataques a estâncias turísticas (Campos do Jordão, Serra Negra, Águas de Lindoia, Itu). Em Marília, Presidente Epitácio, Taubaté e Poá foram confirmadas ameaças a ataques em bancos, hospitais, colégios, estações rodoviárias e delegacias. Em Mogi das Cruzes, o Fórum Distrital de Brás Cubas, situado num dos bairros mais violentos dessa cidade, chegou a ser metralhado. Alguns boatos de ameaça de ataques contra empresas fizeram com que alguns estabelecimentos comerciais fechassem mais cedo.
Os aeroportos de São Paulo também foram vítimas de ameaças. Empresas aéreas que operam em Congonhas e Guarulhos receberam telefonemas denunciando a existência de bombas. Em Congonhas, após a evacuação do saguão principal, foi feita varredura e nada foi encontrado. Em Guarulhos, nenhuma bomba foi encontrada também.
O planejamento e a execução dos movimentos foram parcialmente atribuídos à organização criminosa paulista Primeiro Comando da Capital (PCC). O estopim teria sido uma resposta a decisão do governo do estado de São Paulo de isolar líderes da facção com o objetivo de desmontar a articulação da mesma colocando-os em presídios de segurança máxima. No dia 11 de maio, 765 presos foram transferidos para Presidente Venceslau (a 620 km a oeste de São Paulo). Segundo estudo da ONG Justiça Global, a corrupção policial foi uma das causas dos eventos criminosos.
No entanto, a transferência dos presos não teria sido o único motivo para os ataques. Segundo o estudo "São Paulo sob Ataque: Corrupção, Crime Organizado e Violência Institucional em maio de 2006", elaborado pela Clínica de Direitos Humanos da Faculdade de Direito de Harvard e pela Justiça Global, a corrupção no sistema carcerário e nas investigações policiais e o descaso com a execução penal no Estado de São Paulo também contribuíram. De acordo com a pesquisa, a participação de um investigador policial no sequestro e extorsão, em 2005, de um enteado de Marcola, teria sido o estopim para os ataques. Para libertarem o enteado de Marcola, os sequestradores pediram, na época, 300 mil reais.
Os agentes do Estado e grupos de extermínio saíram às ruas para retaliação, principalmente nas periferias da cidade São Paulo, enquanto toques de recolher foram dados e boatos sobre toques assustaram a população. O comércio, instituições de ensino e os sistemas de transporte público pararam de funcionar, principalmente nas periferias da capital paulista.
Como resposta a estes incidentes, a Polícia Militar de São Paulo cancelou folgas, transmitiu um alerta para todos e prendeu 82 suspeitos. Eles fecharam ruas próximas a departamentos de polícia, e intensificaram o patrulhamento. Muitas blitz aconteceram na cidade. Na tarde do dia 13 de maio de 2006 o comandante-geral da PM de São Paulo, Coronel Elizeu Eclair Teixeira Borges, declarou em entrevista à imprensa que "Estamos em guerra contra eles [os criminosos]. Vamos ter mais baixas, mas não vamos recuar" e fez críticas à divulgação de boatos que estariam instaurando pânico na população. Nos presídios, a intervenção da Tropa de Choque acabou com 73 rebeliões.
O ministro da Justiça, Márcio Thomaz Bastos, relatou, em entrevista no Palácio do Planalto, que o presidente Luiz Inácio Lula da Silva telefonou para o governador de São Paulo, Cláudio Lembo, que colocou à disposição dele a Polícia Federal, Força Nacional de Segurança Pública e, inclusive as Forças Armadas. Bastos viajou no dia 15 para São Paulo para um encontro com o governador.
Segundo relatório "Análise dos Impactos dos Ataques do PCC em São Paulo em maio de 2006", divulgado em 2009 pelo Laboratório de Análises da Violência da Universidade Federal do Rio de Janeiro, 505 mortos eram civis e 59 eram agentes públicos. Conforme o estudo, há indícios de participação de policiais em 122 execuções.