Baía de Guanabara é uma baía oceânica localizada no estado do Rio de Janeiro, no sudeste do Brasil.
Habitada pelos índios temiminós, foi descoberta pela expedição exploradora portuguesa de 1501, cujo comando é atribuído por alguns autores a Gaspar de Lemos, em 1 de Janeiro de 1502. Os portugueses a confundiram com a foz de um grande rio, ao qual denominaram "Rio de Janeiro", por ter sido descoberto no mês de janeiro. Os indígenas locais, entretanto, tinham já uma designação tupi para a mesma: Iguaá-Mbara (iguaá = enseada do rio, e mbará = mar), ou então guana ("seio") bara ("mar"), "mar do seio", em referência a seu formato arredondado e à fartura de pesca que proporcionava, ou ainda kûárana pará ("mar do que se assemelha a enseada", pela junção de kûá, "enseada", rana, "semelhança" e pará, "mar"). O nome é uma alusão ao fato de, na época, a baía não ter a entrada tão estreita como tem hoje, pois o conjunto dos morros Cara de Cão, Pão de Açúcar e Urca formavam uma ilha chamada Ilha da Trindade e não uma península, como ocorre hoje, fruto de um aterramento realizado no século XVI.
Foi assim descrita por alguns de seus primeiros observadores:
O relevo que a enquadra, de contornos irregulares, conforma um porto de abrigo natural, favorável à atividade económica humana, da qual são exemplos as cidades do Rio de Janeiro e de Niterói.
Principal acesso à cidade do Rio de Janeiro durante séculos, acabou tragada pelo crescimento urbano a partir da segunda metade do século XX. Atualmente, conta com um tráfego intenso de navios, sendo significativa também a circulação das balsas, catamarãs e aerobarcos que ligam o centro do Rio de Janeiro à Ilha de Paquetá, à Ilha do Governador, ao centro de Niterói e a Charitas (Niterói). O trajeto para Niterói pode ser feito, desde 1974, pela Ponte Presidente Costa e Silva, mais conhecida como "Ponte Rio-Niterói".
A baía é a resultante de uma depressão tectônica formada no Cenozoico, entre dois blocos de falha geológica: a chamada Serra dos Órgãos e diversos maciços costeiros, menores. Constitui a segunda maior baía, em extensão, do litoral brasileiro, com uma área de aproximadamente 380 km².
Considerando-se a sua barra como uma linha imaginária que se estende da ponta de Copacabana até à ponta de Itaipu, esta sofre um estreitamento entre a ponta da Fortaleza de São João, na cidade do Rio de Janeiro, e a ponta da Fortaleza de Santa Cruz, na de Niterói, com uma largura aproximada de 1 600 metros. Relativamente a meio dessa passagem, ergue-se uma laje rochosa (ilha da Laje), utilizada desde os colonizadores como ponto de apoio à defesa da barra, o atual Forte Tamandaré (antigo Forte da Laje).
As profundidades médias na baía são de 3 metros na área do fundo, 8,3 metros na altura da Ponte Rio-Niterói e de 17 metros no canal de entrada da barra. Na área do fundo, onde desaguam a maior parte dos rios, o acúmulo de sedimentos constituiu manguezais, envoltos pela vegetação própria da Mata Atlântica.
A Baía de Guanabara abriga diversas ilhas, totalizando 53, além de ilhotas cuja contagem varia conforme a fonte. Algumas dessas ilhas são de propriedade particular ou não possuem denominação oficial. A maioria pertence à Marinha do Brasil, enquanto outras integram a Área de Proteção Ambiental (APA) de Guapimirim, que visa à preservação dos ecossistemas locais.
A baía abriga dezenas de espécies botânicas, zoológicas e ictiológicas. Entre as espécies que habitam ou procuram a baía de Guanabara para se alimentar ou se reproduzir, destacam-se: golfinhos, tartarugas-marinhas, bagres, paratis e tainhas.
A baía integrava a rota migratória das baleias francas que buscavam as suas águas quentes para procriar, no inverno austral. Até ao século XVIII, a armação (caça) de baleias foi uma atividade expressiva na baía de Guanabara.
Em 1979, se reuniram no Rio de Janeiro, Engenheiros, técnicos de diversas áreas e representantes da ONU, o objetivo era discutir a poluição na baía. A conclusão final foi que o esgoto sem tratamento era o problema, nos anos anteriores eram depositadas 460 toneladas de resíduos orgânicos por dia no local, o problema deveria ser resolvido nos meses e anos seguintes. Dados do início da década de 1980, indicam que eram em um número de 5 mil as indústrias que depositavam seu esgoto na baía.
Diante da perda secular de áreas de manguezal, exploradas sob os mais variados aspectos, a baía atualmente agoniza, vítima da poluição dos esgotos domiciliares e industriais, além dos derrames de óleo e da crescente presença de metais pesados em suas águas. À época do Descobrimento, estima-se que essas áreas cobriam 300 km²; dados da Prefeitura Municipal do Rio de Janeiro, em 1997, indicavam que elas se encontravam reduzidas a apenas cerca de 60 km². O padrão de queda da qualidade ambiental na Baía de Guanabara é consensual, apesar de visões contraditórias do problema. A degradação do ecossistema é representada pela significativa diminuição nos níveis de qualidade da água (baía e rios) e formação de gradientes de degradação no ecossistema que seguem tendências norte-sul e leste-oeste. O gradiente norte-sul acontece devido à sua característica estuarina, sendo reflexo do balanço das contribuições continentais (norte) e marinhas (sul). No norte são observados maiores valores de indicadores de poluição como sólidos em suspensão, fosfato, fósforo total, amônia, nitrito, silicato, clorofila a e coliformes totais e fecais, bem como menores valores de salinidade, oxigênio dissolvido, pH, nitrato e transparência da água. A temperatura também é alta nessa região. Já na região de desembocadura, observa-se o oposto em função da maior influência marinha. Por tais características, nesta região são encontradas as melhores condições ambientais da Baía de Guanabara.
O gradiente leste-oeste é resultado da ocupação humana da orla da baía. A cidade do Rio de Janeiro polarizou o desenvolvimento na região oeste da baía, onde foram realizados mais aterros para o crescimento da cidade, com graves consequências para a circulação das águas. Também como efeito desse crescimento, observou-se um aumento das cargas de esgotos domésticos e efluentes industriais, justamente onde foi reduzida de forma drástica a capacidade de diluição desses dejetos, pela diminuição da circulação da água. Na região oeste, foram observados os maiores valores de todos os indicadores de poluição (fosfato, fósforo total, amônia, nitrito, silicato, clorofila a e coliformes totais e fecais), bem como os menores níveis de oxigênio dissolvido.
Além de um gradiente horizontal, a Baía de Guanabara também apresenta um gradiente vertical. Essa estratificação também é função de sua característica estuarina, com um forte componente sazonal. Na época chuvosa (verão) são observadas menores salinidades e maiores temperaturas nas águas de superfície, estas sob maior influência da drenagem das águas do continente. Tal estruturação condiciona uma forte estratificação termohalina, com uma diferença superfície-fundo de até 17 °C e 15 S. Já na época seca do ano (inverno), com a menor pluviosidade e temperatura não são observadas grandes variações entre as camadas de superfície e de fundo, causando maior homogeneidade na coluna d’água. Os padrões de estratificação para a salinidade acompanham os descritos para a temperatura.
Embora as águas da baía se renovem em contato com as do mar, ela é a receptora final de todos os efluentes líquidos gerados nas suas margens e nas bacias dos mais de 50 rios e riachos que a alimentam. Entre as fontes potenciais de poluição contam-se cerca de 14 mil estabelecimentos industriais, quatorze terminais marítimos de carga e descarga de produtos oleosos, dois portos comerciais, diversos estaleiros, duas refinarias de petróleo, mais de mil postos de combustíveis e uma intrincada rede de transporte de matérias-primas, combustíveis e produtos industrializados permeando zonas urbanas altamente congestionadas.
A bacia que drena para a Baía de Guanabara tem uma superfície de 4 000 km², integrada pelos municípios de Duque de Caxias, São João de Meriti, Belford Roxo, Nilópolis, São Gonçalo, Magé, Guapimirim, Itaboraí, Tanguá e partes dos municípios do Rio de Janeiro, Niterói, Nova Iguaçu, Cachoeiras de Macacu, Rio Bonito e Petrópolis, a maioria localizada na Região Metropolitana do Rio de Janeiro. Esta região abriga cerca de dez milhões de habitantes, o equivalente a 80 por cento da população do estado do Rio de Janeiro e apresentou, no período 1980-1991, a maior taxa de crescimento do País. Mais de 2/3 dessa população, 7,6 milhões de habitantes, habitam na bacia da Baía de Guanabara. A partir da década de 1990, começou a ser objeto de um grande projeto de recuperação ambiental, com verbas do Banco Interamericano de Desenvolvimento e do Governo do Japão. O projeto, no entanto, encontra-se atualmente paralisado. Existe a teoria de que se não houver nenhum tipo de poluição aos rios que a alimentam e à própria Baía, as águas levariam o prazo natural de cinco anos para se recuperarem em mais de 90%.