Cunegunda da Áustria (em alemão: Kunigunde von Österreich; 16 de março de 1465 – 6 de agosto de 1520) foi uma Arquiduquesa da Áustria, membro da Casa de Habsburgo e pelo casamento duquesa de Baviera-Munique e a partir de 1503, de toda a Baviera.
Era filha do rei da Alemanha e imperador Frederico III, e da sua mulher Leonor de Portugal, filha do rei D. Duarte I de Portugal.
Nasceu em Wiener Neustadt e era a quarta dos cinco filhos nascidos do casal Imperial; contudo, apenas ela e o seu irmão mais velho Maximiliano chegaram à idade adulta. Cresceu numa atmosfera aberta e informal, e até sem a exigente etiqueta da corte. Ao contrário do que era normal na época, ela aprendeu não apenas a ler, escrever, fazer crochet e bordar, mas aprendeu também a andar a cavalo e a caçar, teve aulas de astronomia e matemática.
Tal como a maioria das raparigas de famílias reais, desde a sua infância que Cunigunda esteve envolvida na intrigas políticas da sua época. Em 1470, o rei Matias Corvino da Hungria pediu a sua mão em casamento; ainda assim, Frederico III recusou. Aos quinze anos, em 1480, Cunigunda fez a sua apresentação formal em Viena durante a visita de Jorge da Baviera, apelidado de "o Rico" pela corte de Frederico III. Depois das celebrações foi mandada para Graz para sua segurança. No entanto, depois do plano contra o Imperador ter sido descoberto, este mudou-se para Linz e enviou Cunigunda para Insbruque juntamente com Sigismundo , Arquiduque da Áustria Anterior e governador do Tirol, primo direito e antigo guardião de Frederico III.
Cunigunda casou com Alberto IV da Baviera-Munique em 1487 contra a vontade do seu pai e foi regente do filho Guilherme IV. Apesar da resignação da corte ela tentou influenciar as políticas do estado ao mesmo tempo que reagia a favor dos direitos dos seus filhos mais novos. Teve um contacto muito próximo com o seu irmão, o Imperador Maximiliano I, e com outros governantes e parentes por toda a Europa.
Com Alberto IV da Baviera-Munique teve 8 filhos:
Depois da morte de Alberto em 1508 ingressou no Convento de Püttrich, o qual favoreceu e no qual viveu até à sua morte em 1520.
(em alemão) Cloister of Püttrich
(em alemão) Article in the Biographische Lexikon des Kaiserthums Österreich