François Gagnepain (23 de setembro de 1866 — 25 de janeiro de 1952) foi um botânico francês.
Com Achille Eugène Finet, ele nomeou várias espécies da família botânica Annonaceae. O gênero Gagnepainia (família Zingiberaceae ) foi nomeado em sua homenagem por Karl Moritz Schumann. A Academia Francesa de Ciências concedeu a Gagnepain o Prix de Coincy para o ano de 1907.
Topographie botanique des environs de Cercy-la-Tour (Nièvre), Société d'histoire naturelle d'Autun, 1900 - Botanical topography involving the environs of Cercy-la-Tour (Nièvre).
Contributions à la flore de l'Asie orientale, 1905, (em colaboração com Achille Eugène Finet) - Contribuições sobre a flora da Ásia oriental.
Contribution à l'étude géo-botanique de l'Indo-Chine, 1926 - Contribuição para o estudo geobotânico de Indochina.
Abreviatura oficial e lista de nomes de plantas e fungos atribuídos a François Gagnepain no The International Plant Names Index (IPNI) (em inglês).