Francisco de Borja e Aragão, também Francisco de Bórgia e Aragão, foi 4.º duque de Gandia, filho do vice-rei de Navarra, neto paterno de Giovanni Bórgia, sobrinho-neto de César Bórgia e de Lucrécia Bórgia, bisneto do Papa Alexandre VI e bisneto por bastardia do rei Fernando II de Aragão, e fez-se jesuíta logo após enviuvar. Exerceu o cargo de Vice-rei da Catalunha. Nasceu em 28 de outubro de 1510, faleceu em 1572.
Desde pequeno era muito piedoso e desejou tornar-se monge, sua família porém o enviou à corte do imperador Carlos V. Ali se destacaria acompanhando o imperador em suas campanhas e casando-se, em 1529, com uma nobre portuguesa: Leonor de Castro Melo e Menezes, com a qual teve oito filhos: Carlos, Isabel, João, Álvaro, Fernando, Afonso, Joana e Doroteia.
Nobre e considerado "grande de Espanha", em 1539 escoltou o corpo da imperatriz Isabel de Portugal à sua tumba em Granada. Se diz que, quando viu o efeito da morte sobre o corpo daquela que tinha sido uma bela imperatriz decidiu "nunca mais servir a um senhor que possa morrer".
Nomeado primeiro Marquês de Llombay, foi depois vice-rei na Catalunha, entre 1539 e 1543, cargo que exerceu com grande eficiência. Quando seu pai morreu, em 1543, recebeu por herança o título de Duque de Gandía, então se retirou para a sua terra natal e aí levaria, com sua família, uma vida entregada puramente à religião.
Em 1546, sua esposa Leonor de Castro morreu e Francisco fez um retiro espiritual e decidiu entrar na recém-fundada Companhia de Jesus.
Em 1550, foi recebido em Roma por Santo Inácio de Loyola, como jesuíta; pouco antes de receber sua ordenação sacerdotal.
A Inquisição condenou o livro «Obras do Cristão», que continha um artigo de Borja, que, por isso, teve que responder a processo de heresia, no qual foi absolvido.
Ajustou as contas com os seus assuntos mundanos, renunciou aos seus títulos em favor de seu primogênito, Carlos e, imediatamente, lhe foi oferecido o título de cardeal. Recusou, preferindo a vida de um pregador itinerante. Seus amigos conseguiram convencê-lo a aceitar o título para aquilo que a natureza e as circunstâncias o haviam predestinado: em 1554, converteu-se no Comissário Geral dos Jesuítas na Espanha, e em 1565, em Superior-Geral de toda a Ordem.
Fez parte da primeira geração dos jesuítas que tiveram suas vidas influenciadas diretamente por Santo Inácio de Loyola, que foi seu amigo e conselheiro. Foi um grande incentivador das missões jesuíticas na América.
Em 1565, a Congregação Geral II de Jesuítas se curvou evidentemente na eleição pelo enorme prestígio do outrora Duque de Gandia. O eleito revisou as regras da Ordem e, por influência das práticas de certos jesuítas espanhóis, aumentou o tempo dedicado à oração. Se preocupou para que cada Província tivesse seu noviciado: pessoalmente fundou o Noviciado de Sant'Andrea al Quirinale, no qual se formaram S. Estanislau Kostka, o pregador polonês Piotr Skarga e o futuro Padre Geral Cláudio Aquaviva.
Uma das tarefas mais delicadas deste governo foi negociar com São Pio V, o qual desejava reintroduzir a função litúrgica cantada na Companhia. De fato, esta medida começou em maio de 1569, mas somente nas casas professas e sem interferir em outras tarefas. É por isso que todos os jesuítas deveriam exercer três votos solenes até que o Papa Gregório XIII restaurou a prática original tal como estava nas Constituições escritas por Santo Inácio.
Os Colégios prosperaram: de 50 em 1556 passaram a 163 em 1574. Borja promulgou a primeira Ratio Studiorum em 1569. Para seu governo apoiou visitantes. Iniciou-se a remodelação da Igreja de Jesus, em Roma. O Geral seguiu de muito perto a evolução da Contrarreforma na Alemanha. Muitas fundações jesuítas serviram para reforçar a causa católica.
Deu grande impulso às missões. Uma expedição missionária enviada por ele ao Brasil foi exterminada pelos protestantes em alto-mar (Inácio de Azevedo e seus companheiros mártires, em 5 de junho de 1570).
Borja recebeu missões especiais de Sua Santidade, assim como com Laínez. De viagem a Portugal e Espanha -apesar de acusações-, foi muito receptivo. Tomou conta de negócios da Companhia e delicados cargos diplomáticos nas cortes. A volta a Roma foi difícil; chegou à Cidade Eterna em situação ruim, mas feliz por ter obedecido até o fim. Morreu em 1572.
Durante seu generalato o número de jesuítas se expandiu de 1000 para 4000.
Sua decisão referente à oração alterou a concepção ignaciana a respeito, até que no século XX voltou-se à prática inicial. Aplicou na prática a resolução da CG II de convocar as Congregações de Procuradores, que demonstrou ser uma medida muito acertada. Sob sua administração, a obra missionária foi incrementada e prosperou. A Companhia fundou novas missões na Flórida, México e Peru. Aumentou a infiltração no Brasil. Sugeriu a Pio V a criação da Congregação para a Propagação da Fé. Em sua homenagem, o Padre Francisco Garcia fundou a cidade de São Borja, primeiro sete povos das missões, onde seu dia é comemorado em 10 de outubro pelo município e pela Paróquia São Francisco de Borja
Leonor de Castro Melo e Menezes