A Inquisição espanhola ou Tribunal do Santo Ofício da Inquisição foi estabelecida em 1478 pelos Reis Católicos, Fernando II de Aragão e Isabel I de Castela. O seu objectivo era manter a ortodoxia católica nos seus reinos e substituir a Inquisição Medieval, que estava sob controlo papal. Tornou-se a mais substantiva das três manifestações diferentes da Inquisição Católica mais vasta, juntamente com a Inquisição Romana e a Inquisição Portuguesa. A Inquisição Espanhola pode ser definida de forma ampla, abrangendo todas as colónias e territórios espanhóis, que incluíam as Ilhas Canárias, o Reino de Nápoles, e todas as possessões espanholas na América do Norte, Central, e do Sul.
Não é possível chegar a um cálculo exacto do número de pessoas condenadas à morte pela Inquisição. Em 1817, Juan Antonio Llorente achou cerca de 39 mil, mas este número é considerado hoje em dia como totalmente sem validade científica e improvável por ser tão elevado. De fato, a investigação histórica tem estado a rever constantemente em baixa o número de pessoas condenadas à morte pela Inquisição Espanhola.
A Inquisição destinava-se inicialmente a identificar os hereges entre os convertidos do judaísmo e do islamismo ao catolicismo. A regulação da fé dos católicos recém convertidos foi intensificada após os decretos reais emitidos em 1492 e 1502, que ordenavam judeus e muçulmanos a converterem-se ao catolicismo ou a deixarem Castela. A Inquisição só foi definitivamente abolida em 1834, durante o reinado de Isabel II, após um período de declínio de influência no século anterior.
No século XIII a Espanha não era um estado unificado, mas sim uma confederação de monarquias, cada qual com seu administrador, como os reinos de Aragão e Castela, governados por Fernando e Isabel, respectivamente. No Reino de Aragão (na verdade, uma confederação de Aragão, Ilhas Baleares, Catalunha e Valência) havia uma Inquisição local desde a Idade Média (1238), tal como em outros países da Europa, porém ainda não havia Inquisição no Reino de Castela e Leão.
A maior parte da Península Ibérica estava sob o governo de potentados mouros, e as regiões do sul, particularmente Granada, estavam muito povoadas de muçulmanos. Até 1492, Granada manteve-se sob o controle mouro. As cidades mais importantes, como Sevilha, Valladolid e Barcelona (capital do Reino de Aragão), tinham grandes populações de judeus em guetos.
Havia uma longa tradição de trabalhos de judeus no Reino de Aragão. Abiathar Crescas, um judeu, foi médico e astrólogo na corte do pai de Fernando, João II de Aragão. Muitos judeus ocupavam postos de importância, tanto religiosos como políticos.
Muitos historiadores creem que a Inquisição foi o método usado por Fernando para enfraquecer os seus opositores principais no reino. Possivelmente havia também uma motivação econômica: muitos financistas judeus forneceram o dinheiro que Fernando usou para casar com a rainha de Castela, e vários desses débitos seriam extintos se o financiador fosse condenado. O inquisidor instalado por Fernando na Catedral de Saragoça, Pedro de Arbués, foi assassinado por cristãos novos e mais tarde considerado santo pela Igreja Catolica.
Os monarcas espanhóis Fernando e Isabel solicitaram uma bula papal para estabelecer uma inquisição em Espanha em 1478. O Papa Sisto IV concedeu a bula Exigit sincerae devotionis affectus que permitia aos monarcas seleccionar e nomear dois ou três sacerdotes com mais de quarenta anos de idade para agirem como inquisidores. Em 1481 a brutalidade da Inquisição espanhola levou o próprio Papa a protestar. Porém capitulou quando Fernando ameaçou negar apoio militar à Santa Sé. Fernando obteve assim o que desejava: controlar sozinho a Inquisição espanhola.
A Inquisição e a expulsão dos judeus
Em 1483, Fernando e Isabel estabeleceram um conselho estatal para administrar a inquisição e indicaram o dominicano Tomás de Torquemada,seu confessor e conselheiro, que acabaria por assumir o título de Inquisidor Geral, para investigar e punir os conversos — judeus e mouros que se tinham convertido ao catolicismo, mas que alegadamente continuavam a praticar suas antigas religiões em segredo. Os detratores chamavam os judeus convertidos de marranos, uma expressão pejorativa, que se crê significar porcos. Entre os anos 1486 e 1492, 25 autos-de-fé ocorreram em Toledo. Um total de 464 autos-de-fé contra judeus ocorreram entre 1481 e 1826. No total, mais de 13 mil conversos foram julgados entre 1480 e 1492.
A 31 de Março de 1492, apenas três meses após a conquista de Granada, os reis católicos emitiram o Decreto de Alhambra sobre a expulsão dos judeus de todos os seus reinos. Os judeus tinham até 31 de Julho do mesmo ano para escolher entre aceitar o baptismo ou deixar o país para sempre, embora lhes fosse permitido levar consigo todos os seus bens, desde que não fosse em ouro, prata ou dinheiro. A razão dada para justificar esta medida foi a "recaída" de muitos convertidos devido à proximidade de judeus não convertidos que os seduziam e os mantinham no conhecimento e prática do judaísmo. Os judeus tiveram de vender tudo o que não podiam carregar: as suas terras, as suas casas e bibliotecas, e converter sua riqueza em uma forma mais portátil era difícil. O resultado foi que grande parte da riqueza da comunidade judaica permaneceu em Espanha. A punição para qualquer judeu que não se convertesse ou partisse era a execução sumária.
Entre 165 mil e 400 mil judeus teriam deixado assim a Espanha , muitos deles perdendo o seu meio de subsistência e pagando impostos exorbitantes aos funcionários dos portos ao partirem; cerca de cinquenta mil decidiram ficar.
No seu mecanismo e operações - detenções, julgamentos, confisco de bens, e outros - a Inquisição espanhola emulou as inquisições doutras paragens. Contudo, ao contrario das outras, a Inquisição Espanhola não estava subordinada ao Papa, mas sim aos Reis Católicos. Funcionava como instrumento não só da ortodoxia religiosa, mas também da política real.
A Inquisição perseguiu os conversos, os chamados mouriscos, mais tarde os cristaos-velhos, e também foi usada contra os primeiros focos do protestantismo, contra a disseminação das idéias de Erasmo de Roterdão, contra o iluminismo e, no século XVIII, contra o enciclopedismo. Apesar das ações das outras inquisições europeias contra a bruxaria, as bruxas não foram o principal foco da inquisição espanhola, excepto ao longo da fronteira norte, particularmente entre a população basca dos Pirenéus. As acusadas de bruxaria eram normalmente qualificadas como heréticas. O primeiro julgamento registado de uma bruxa foi em 1498.
Durante o governo de Napoleão Bonaparte, a Inquisição foi suspensa na Espanha, porém foi reinstalada quando Fernando VII de Espanha subiu ao trono.
O professor Cayetano Ripoll, garroteado em Valência no dia 31 de julho de 1826, foi a última pessoa morta pela Inquisição espanhola, que, em 15 de julho de 1834, foi finalmente abolida.
A Inquisição também foi instalada na América Espanhola, com tribunais da inquisição no México, Peru e Colômbia, porém foi abolida nesses países quando se tornaram independentes da Espanha.
Cada campanha inquisitorial começava com uma visita dos inquisidores a uma dada localidade, onde se juntava a população com um convite solene para que os hereges se apresentassem, e fossem também denunciados outros suspeitos de heresia. Era anunciado um "período de graça" enunciado num "Édito de Graça", lido em público, que dava um período de trinta ou quarenta dias aos hereges para se denunciarem.