Com o crescimento da diversidade religiosa no Brasil é verificado um crescimento da discriminação religiosa, tendo sido criado o Dia Nacional de Combate à Intolerância Religiosa (21 de janeiro) por meio da Lei n.º 11.635, de 27 de dezembro de 2007, sancionada pelo presidente Luiz Inácio Lula da Silva, como um reconhecimento do próprio Estado da existência do problema.
A Constituição prevê a liberdade de religião e a Igreja e o Estado estão oficialmente separados, sendo o Brasil oficialmente um Estado laico. A legislação brasileira proíbe qualquer tipo de intolerância religiosa, sendo a prática religiosa geralmente livre no país. Segundo o "Relatório Internacional de Liberdade Religiosa de 2005", elaborado pelo Departamento de Estado dos Estados Unidos, a "relação geralmente amigável entre religiões contribui para a liberdade religiosa" no Brasil.
O Brasil tem normas jurídicas que visam punir a intolerância religiosa.
No Brasil, a Lei n.º 7.716, de 5 de janeiro de 1989, alterada pela Lei n.º 9.459, de 15 de maio de 1997, considera crime a prática de discriminação ou preconceito contra religiões.
Em tal lei, são considerados crimes de discriminação ou preconceito contra religiões as práticas prescritas nos seguintes artigos: art 3.º ("Impedir ou obstar o acesso de alguém, devidamente habilitado, a qualquer cargo da Administração Direta ou Indireta, bem como das concessionárias de serviços públicos"), art. 4º ("Negar ou obstar emprego em empresa privada"), art. 5.º ("Recusar ou impedir acesso a estabelecimento comercial, negando-se a servir, atender ou receber cliente ou comprador"), art. 6.º ("Recusar, negar ou impedir a inscrição ou ingresso de aluno em estabelecimento de ensino público ou privado de qualquer grau"), art. 7.º ("Impedir o acesso ou recusar hospedagem em hotel, pensão, estalagem, ou qualquer estabelecimento similar"), art. 8.º ("Impedir o acesso ou recusar atendimento em restaurantes, bares, confeitarias, ou locais semelhantes abertos ao público"), art. 9.º ("Impedir o acesso ou recusar atendimento em estabelecimentos esportivos, casas de diversões, ou clubes sociais abertos ao público"), art. 10.º ("Impedir o acesso ou recusar atendimento em salões de cabeleireiros, barbearias, termas ou casas de massagem ou estabelecimento com as mesmas finalidades"), art. 11.º ("Impedir o acesso às entradas sociais em edifícios públicos ou residenciais e elevadores ou escada de acesso aos mesmos"), art. 12 ("Impedir o acesso ou uso de transportes públicos, como aviões, navios barcas, barcos, ônibus, trens, metrô ou qualquer outro meio de transporte concedido"), art. 13 ("Impedir ou obstar o acesso de alguém ao serviço em qualquer ramo das Forças Armadas"), art. 14 ("Impedir ou obstar, por qualquer meio ou forma, o casamento ou convivência familiar e social"), art. 20 ("Praticar, induzir ou incitar a discriminação ou preconceito de raça, cor, etnia, religião ou procedência nacional"), e, art 20, § 1.º, ("Fabricar, comercializar, distribuir ou veicular símbolos, emblemas, ornamentos, distintivos ou propaganda que utilizem a cruz suástica ou gamada, para fins de divulgação do nazismo").
Isso não significa que essas sejam as únicas condutas criminosas previstas na legislação brasileiras em relação a intolerância e perseguição religiosa. Punição a incitações a violência, como agressões ou até mesmo homicídios, por motivos religiosos ou não, estão previstos no Código Penal brasileiro. Essa legislação, no entanto, não retira o direito à crítica que os seguidores de uma denominação religiosa (ou mesmo quem não segue uma) podem fazer aos de outra (ou mesmo a quem não segue uma). Isso está garantido na Constituição Federal do Brasil de 1988, pela cláusula democrática, presente no art. 1º ("A República Federativa do Brasil, formada pela união indissolúvel dos Estados e Municípios e do Distrito Federal, constitui-se em Estado Democrático de Direito"), pelo art. 5º, IV ("é livre a manifestação do pensamento, sendo vedado o anonimato"), pelo art. 5º, VI, ("é inviolável a liberdade de consciência e de crença"), pelo art. 5º, VIII, ("ninguém será privado de direitos por motivo de crença religiosa ou de convicção filosófica ou política, salvo se as invocar para eximir-se de obrigação legal a todos imposta e recusar-se a cumprir prestação alternativa, fixada em lei"), e pelo art. 5º, IX, ("é livre a expressão da atividade intelectual, artística, científica e de comunicação, independentemente de censura ou licença").
E, por força do art. 5º, § 2º, ("Os direitos e garantias expressos nesta Constituição não excluem outros decorrentes do regime e dos princípios por ela adotados, ou dos tratados internacionais em que a República Federativa do Brasil seja parte") da Constituição Federal do Brasil, também são aplicáveis o previsto no art. XVIII da Declaração Universal dos Direitos Humanos, que expressa que "toda pessoa tem direito à liberdade de pensamento, consciência e religião", combinado com o artigo XIX, também da declaração dos direitos humanos, que expressa que "toda pessoa tem direito à liberdade de opinião e expressão".
O preconceito contra ateus é um dos mais fortes e massivos da sociedade brasileira, afirmação comprovada por uma pesquisa encomendada pela revista Veja em 2007 e realizada pela CNT/Sensus. Ela revela que 84% dos brasileiros votariam em um negro para presidente, 57% em uma mulher, 32% em um homossexual, mas apenas 13% votaria em uma pessoa que não acredita em Deus. A pesquisa mostrou que, apesar de consideradas as "minorias" mais discriminadas, os negros, as mulheres e os homossexuais são menos rejeitados que os ateus. Eliane Moura Silva, professora do departamento de história da Universidade Estadual de Campinas, afirma que o resultado da pesquisa confirma que "o brasileiro ainda entende o ateu como alguém sem caráter, sem ética, sem moral". O professor de história da Universidade de São Paulo Antônio Flávio Pierucci diz que "os brasileiros não estão habituados a se confrontar com a realidade do ateu", segundo ele, é isso que leva ao fato de quase não existirem políticos declaradamente ateus, e a tantos afirmarem com convicção que são tementes a Deus. Estima-se que pouco mais de 2% da população seja de facto ateia, mas o número é impreciso, haja vista que o censo do IBGE engloba ateus, agnósticos e teístas não ligados a nenhuma igreja num grupo de pessoas "sem-religião". Abaixo, a tabela mostra os dados da pesquisa encomendada pela Veja:
Outra pesquisa realizada em agosto de 2010 pelo Núcleo de Opinião Pública por iniciativa da Fundação Perseu Abramo e do SESC confirmou a rejeição aos ateus. A pequisa, que tinha como foco principal o estudo do papel da mulher na sociedade, separou as perguntas por gênero. Nessa pesquisa, os ateus ficaram na frente, em questão de possibilidade de voto para presidente, apenas de pessoas a favor da legalização da maconha. Entre as mulheres, 66% não votariam em um candidato ateu; e entre os homens, 61% não daria seu voto a uma pessoa que não acredita em Deus. Abaixo estão os dados desse trecho da pesquisa:
Em julho de 2010, José Luiz Datena, apresentador do programa Brasil Urgente na emissora brasileira Band, fez associações falsas e preconceituosas entre criminalidade e descrença religiosa, acusando os que não acreditam em Deus como responsáveis pela degradação da sociedade. Em dezembro do mesmo ano o Ministério Público Federal em São Paulo moveu ação em tribunal pedindo uma retratação com duração mínima o dobro do tempo dos comentários. Em janeiro de 2013 um juiz federal condenou a Band a exibir durantes seus intervalos comerciais peças informativas que tenham como objetivo esclarecer "... à população sobre a diversidade religiosa e a liberdade de consciência e de crença no País". A Band recorreu, porém, em maio de 2015 a emissora fez um acordo com o Ministério Público Federal no qual se comprometeu a exibir 72 vezes um vídeo de 40 segundos produzido pelo órgão no qual se ressalta a laicidade do estado brasileiro e a liberdade religiosa.