A invasão do Afeganistão pelos Estados Unidos ocorreu após os ataques de 11 de setembro no final de 2001, apoiado por aliados próximos. O conflito também foi conhecido como guerra dos Estados Unidos no Afeganistão. Os seus objetivos públicos eram desmantelar a Al-Qaeda, e negar-lhes uma base segura de operações no Afeganistão removendo o Talibã do poder. O Reino Unido foi um aliado fundamental dos Estados Unidos, oferecendo suporte para a ação militar desde o início dos preparativos para a invasão. Em agosto de 2003, a OTAN envolveu-se como uma aliança, que assumiu o comando da Força Internacional de Assistência à Segurança.
O presidente dos Estados Unidos George W. Bush exigiu que o Taliban entregasse Osama bin Laden e expulsasse a al-Qaeda, bin Laden já estava sendo procurado pela ONU desde 1999. O Taliban se recusou a extraditá-lo, a menos que lhes fossem dado o que eles consideravam provas convincentes do seu envolvimento nos ataques de 11 de setembro e ignoraram demandas para fechar bases terroristas e entregar outros suspeitos de terrorismo além de bin Laden. O pedido foi indeferido pelos Estados Unidos como uma manobra dilatória sem sentido e lançaram a Operação Enduring Freedom em 7 de outubro de 2001 com o Reino Unido. Os dois se juntaram posteriormente a outras forças, incluindo a Aliança do Norte. Os Estados Unidos e seus aliados expulsaram o Taliban do poder e construíram bases militares perto de grandes cidades em todo o país. A maioria dos membros da al-Qaeda e do Taliban não foram capturados, fugindo para o vizinho Paquistão ou se retirando para regiões montanhosas rurais ou remotas.
Em dezembro de 2001, o Conselho de Segurança das Nações Unidas criou a Força Internacional de Assistência à Segurança (ISAF), para supervisionar as operações militares no país e treinar a Força de Segurança Nacional Afegã. Na Conferência de Bonn, em dezembro de 2001, Hamid Karzai foi escolhido para chefiar a Autoridade Interina Afegã, que depois de uma loya jirga de 2002 em Cabul tornou-se a Administração Transitória do Afeganistão. Nas eleições populares de 2004, Karzai foi eleito presidente do país, agora nomeado República Islâmica do Afeganistão.
Em 2003, a OTAN assumiu a liderança da ISAF . Uma parte das forças dos Estados Unidos no Afeganistão operavam sob o comando da OTAN; o restante permaneceu sob comando direto dos Estados Unidos. O líder talibã Mulá Omar reorganizou o movimento e, em 2003, lançou uma insurgência contra o governo e a ISAF.
A ordem política do Afeganistão começou a romper com a derrubada do rei Zahir Shah por seu primo Mohammed Daoud Khan em um golpe de Estado em 1973. Daoud Khan servia como primeiro-ministro desde 1953 e havia promovido modernização econômica, emancipação das mulheres e o nacionalismo pashtun. Isto ameaçava o vizinho Paquistão, confrontado com a sua própria população pashtun inquieta. Em meados da década de 1970, primeiro-ministro paquistanês Zulfikar Ali Bhutto passou a encorajar os líderes islâmicos afegãos, como Burhanuddin Rabbani e Gulbuddin Hekmatyar, para lutar contra o regime. Em 1978, Daoud Khan foi morto em um golpe de Estado pelo Partido Comunista do Afeganistão, seu antigo parceiro no governo, conhecido como Partido Democrático do Povo do Afeganistão (PDPA). O PDPA pressionou para uma transformação socialista, abolindo casamentos arranjados, promovendo a alfabetização em massa e reformando a propriedade de terra. Isto minou a ordem tribal tradicional e provocou a oposição de líderes islâmicos em todas as áreas rurais. A repressão do novo governo foi recebida com rebelião aberta, além disso o PDPA estava assolado por diferenças internas de liderança e ficou enfraquecido por um golpe palaciano em 11 de setembro de 1979, quando Hafizullah Amin derrubou Nur Muhammad Taraki. A União Soviética, interveio militarmente três meses depois, para depor Amin e instalar outra facção liderada por Babrak Karmal.
A entrada da União Soviética no Afeganistão em dezembro de 1979 levou seus rivais da Guerra Fria - Estados Unidos, Paquistão, Arábia Saudita e China - a apoiar os rebeldes que lutavam contra a República Democrática do Afeganistão, apoiada pelos soviéticos. Em contraste com o governo secular e socialista, que controlava as cidades, os mujahideen religiosamente motivados dominavam grande parte da zona rural. Ao lado de Rabbani, Hekmatyar e Khan, outros comandantes mujahedin incluíram Jalaluddin Haqqani. A CIA trabalhou em estreita colaboração com o Inter-Services Intelligence do Paquistão para canalizar um apoio externo para os mujahideen. A guerra também atraiu voluntários árabes, conhecidos como "árabes afegãos", incluindo Osama bin Laden.
Após a retirada dos militares soviéticos do Afeganistão em maio de 1989, o regime do PDPA sob Mohammad Najibullah foi mantido até 1992, quando o colapso da União Soviética privou o regime de ajuda, e a deserção do general uzbeque Abdul Rashid Dostum removeu a aproximação para Cabul. Com o cenário político livre dos socialistas afegãos, os demais senhores da guerra islâmicos disputavam poder. Até então, bin Laden havia deixado o país e o interesse dos Estados Unidos no Afeganistão também diminuiu.
Em 1992, Rabbani se tornou oficialmente presidente do Estado Islâmico do Afeganistão, mas teve que lutar com outros senhores da guerra pelo controle de Cabul. No final de 1994, o ministro da Defesa de Rabbani, Ahmad Shah Massoud derrotou Hekmatyr em Cabul e encerrou o bombardeamento contínuo da capital. Massoud tentou iniciar um processo político em todo o país com o objetivo de consolidação nacional. Outros senhores da guerra, incluindo Ismail Khan, no oeste, e Dostum, no norte, mantiveram seus feudos.
Em 1994, Mulá Omar, um mujahideen pashtun, que ensinava a uma madrassa paquistanesa, voltou a Kandahar e fundou o Taliban. Seus seguidores eram estudantes religiosos, conhecidos como Talib e buscavam acabar com senhores da guerra por meio da adesão rigorosa para a lei islâmica. Em novembro de 1994, o Talibã capturou toda a província de Kandahar; recusou uma oferta do governo para participar em um governo de coalizão e marchou em Cabul, em 1995.
Emirado do Talibã vs. Aliança do Norte
As primeiras vitórias do Talibã, em 1994, foram seguidas por uma série de derrotas dispendiosas. O Paquistão forneceu um forte apoio para o Talibã. Analistas como Amin Saikal descreveram o grupo como o desenvolvimento em uma força proxy pelos interesses regionais do Paquistão, o que os talibãs negaram. O Taliban começou a bombardear Cabul no início de 1995, mas foram rechaçados por Massoud.
Em 27 de setembro de 1996, o Talibã, com apoio militar do Paquistão e o apoio financeiro da Arábia Saudita, tomou Cabul e fundou o Emirado Islâmico do Afeganistão. Eles impuseram sua interpretação fundamentalista do Islã em áreas sob seu controle, emitindo decretos proibindo mulheres de trabalhar fora de casa, frequentar escola, ou deixar suas casas a menos que acompanhadas por um parente do sexo masculino. De acordo com o especialista paquistanês Ahmed Rashid, "entre 1994 e 1999, cerca de 80 000 a 100 000 paquistaneses treinaram e lutaram no Afeganistão" ao lado dos talibãs.
Massoud e Dostum, antigos arqui-inimigos, criaram uma Frente Unida contra o Taliban, vulgarmente conhecida como Aliança do Norte. Além da força tajique de Massoud e da força uzbeque de Dostum, a Frente Unida incluiu facções hazaras e forças pashtuns, sob a liderança de comandantes, como Abdul Haq e Haji Abdul Qadir. Abdul Haq também reuniu um número limitado de pashtuns desertados do Taliban. Ambos concordaram em trabalhar juntos com o rei afegão exilado Zahir Shah. A Aliança do Norte recebeu vários graus de apoio da Rússia, Irã, Tajiquistão e Índia. O Taliban capturaria Mazar-i-Sharif, em 1998, e Dostum passaria para o exílio.
De acordo com a Organização das Nações Unidas (ONU), o Talibã, enquanto tentava consolidar o controle sobre o norte e oeste do Afeganistão, cometeu massacres sistemáticos contra civis. Oficiais da ONU afirmaram que houve "15 massacres" entre 1996 e 2001. O Taliban visava especialmente os hazaras xiitas.