Johan Afzelius (Gotalândia Ocidental, 13 de junho de 1753 — Upsália, 20 de maio de 1837) foi um químico sueco e notável como orientador de doutorado de um dos fundadores da química moderna, Jöns Jacob Berzelius.
Afzelius obteve seu doutorado na Universidade de Uppsala em 1776, sob a orientação de Torbern Olof Bergman. Em 1780, tornou-se professor em Uppsala e, em 1784, professor de química. De 1792 a 1797, realizou viagens de pesquisa à Noruega, Dinamarca e Rússia para estudar depósitos minerais e visitar instituições científicas. Sua notável coleção de minerais passou a fazer parte do gabinete de minerais da Universidade de Uppsala.
Afzelius realizou análises minerais e contribuiu para a revista Afhandlingar i fysik, kemi och mineralogi (Tratados de física, química e mineralogia). Ele é notável por ter isolado ácido fórmico de formigas e por mostrar que o ácido fórmico era diferente do ácido acético intimamente relacionado. Ele também estudou a química do níquel e do ácido oxálico.
Ele era irmão do botânico Adam Afzelius e do médico Pehr von Afzelius.
Em 1801, foi eleito membro da Academia Real Sueca de Ciências.
Dissertatio chemica de niccolo, (com Torbern Bergman), 1775 – dissertação sobre níquel.
Dissertatio chemica de acido sacchari (com Torbern Bergman), 1776 – dissertação sobre ácido sacarínico.
Dissertatio chemica de acido formicarum, (com Petrus Öhrn), 1777 – dissertação sobre ácido fórmico.
Dissertatio chemica de baroselenite (com Axel Fryxell) 1788 – dissertação sobre selenito de bário;
J.R. Partington, A History of Chemistry, Macmillan: 1962, vol. 3, p. 200.
Svenskt biografiskt lexikon, Albert Bonniers: 1918-1985, vol. 1, pp. 218–224.