Johannes Bugenhagen (Wolin, 24 de junho de 1485 — Wittenberg, 20 de abril de 1558) também chamado de Doutor Pomerano por Martinho Lutero, foi um teólogo alemão e padre luterano que introduziu a Reforma Protestante no Ducado da Pomerânia e na Dinamarca no século XVI.
Johannes Bugenhagen foi pastor de Martinho Lutero na igreja de Santa Maria em Wittenberg. Ele também é comemorado no Calendário dos Santos da Igreja Luterana – Sínodo de Missouri como pastor em 20 de abril.
Depois de ter esboçado suas ideias de reforma em uma carta à comunidade de Hamburgo, Bugenhagen foi a figura mais importante na Reforma Protestante no norte da Alemanha e na Escandinávia. Ele assumiu uma liderança ativa na criação de novas ordens da igreja (Kirchenordnungen) para Hildesheim (1544), Hamburgo (1528/29), Lübeck (1530–1532), o Ducado da Pomerânia (1534/5), Frísia Oriental (1534/5), Schleswig-Holstein (1542), Braunschweig (1528), Brunswick-Wolfenbüttel (1543), e Dinamarca-Noruega (1537), onde também coroou Cristiano III.
Isso lhe rendeu mais tarde o epíteto de "Segundo Apóstolo do Norte". Ele não apenas criou as novas regras, mas também as estabeleceu e persuadiu as pessoas a segui-las. Bugenhagen produziu regras e regulamentos para o serviço religioso, para a escolaridade e para questões sociais da igreja. Em 1539, tornou-se superintendente da Igreja Luterana na Saxônia.
Também em 1539, Bugenhagen reformou a Universidade Pomerânia de Greifswald, que ele "re-fundou" como uma universidade protestante, modelada após a universidade de Wittenberg.
Interpretatio in Liberum, Nürnberg 1523, 1524, Basel 1524, Straßburg 1524, Wittenberg 1526.
Interpretatio in Epestolam ad Ramanos, Hagenau 1523.
Annotationes in Epistolas Pauli XI, posteriores, Nürnberg 1524, Straßburg 1524, Basel 1524.
Historia Domini nostri J Chr. passi et glorificati, ex Evangelistis fideliiter contracta, et annotationibus aucta, Wittenberg 1526, 1540, 1546.
Oratio, quod ipsius non sit oponio illa de eucharistia…, Wittenberg 1526.
Confessio de Sacramento corporis et sanguinis Christi, Wittenberg 1528.
Dat Nye Testame[n]t düdesch: Mit nyen Summarie[n] edder kortem vorstande vp eyn yder Capittel, Köln, Peter Quentel, 1528.
Johannes Bugenhagens Pomerania. Hrsg. im Auftrage der Gesellschaft für Pommersche Geschichte und Alterthumskunde mit Unterstützung der Königlich Preußischen Archivverwaltung von Otto Heinemann (Quellen zur Pommerschen Geschichte, Band IV), Stettin 1900. (Digitalisat).
Der erbarn Stadt Brunswig christlike Ordening to Denste dem hilgen Evangelio … / dorch Johannem Bugenhagen … bescreven. Wittenberg 1528, 1531.
Der ehrbaren Stadt Hamburg christliche Ordnung, 1529. Hrsg. und übers. von Hans Wenn. Hamburg 1971.
Der Keyserliken Stadt Lübeck Christlike Ordeninge, Lübeck 1531, Text mit Übersetzung, Erläuterung. u. Einleitung, hrsg. v. Wolf-Dieter Hauschild. Lübeck 1981, ISBN 3-7950-2502-8.
Eine Schrift wider dem Kelch-Diebe, Wittenberg 1532.
De Biblie vth der vthlegginge Doctoris Martini Luthers yn dyth düdesche vlitich vthgesettet mit sundergen vnderrichtingen alse men seen mach, Lübeck 1533, Fol. Magdeburg 1545.