Johannes Peter Müller (Coblença, 14 de julho de 1801 — Berlim, 28 de abril de 1858) foi um fisiologista alemão, anatomista comparativo, ictiologista e herpetologista, conhecido não apenas por suas descobertas, mas também por sua capacidade de sintetizar conhecimento. O ducto paramesonéfrico (ducto de Müller) foi nomeado em sua homenagem.
Müller nasceu em Coblença. Era filho de um pobre sapateiro, e estava prestes a ser aprendiz de seleiro quando seus talentos chamaram a atenção de seu professor, e ele se preparou para se tornar um Padre Católico Romano. Durante seu curso no colégio em Coblença, dedicou-se aos clássicos e fez suas próprias traduções de Aristóteles. Inicialmente, sua intenção era se tornar padre.
Quando tinha dezoito anos, seu amor pela ciência natural tornou-se dominante, e ele se voltou para a medicina, ingressando na Universidade de Bonn em 1819. Lá, recebeu seu M.D. em 1822. Em seguida, estudou na Universidade de Berlim. Ali, sob a influência de G. W. F. Hegel e Karl Rudolphi, foi induzido a rejeitar todos os sistemas de fisiologia que não eram baseados em uma estrita observação da natureza. Ele se habilitou lá em 1824.
Tornou-se Privatdozent de fisiologia e anatomia comparada na Universidade de Bonn em 1824, professor extraordinário de fisiologia em 1826 e professor ordinário em 1830. Em 1833, foi para a Universidade de Berlim, onde ocupou a cadeira de anatomia e fisiologia até sua morte.
Müller fez contribuições em numerosos domínios da fisiologia, em particular aumentando a compreensão da voz, fala e audição, bem como as propriedades químicas e físicas da linfa, quilo e sangue. Seus primeiros trabalhos importantes, Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtssinns (Sobre a fisiologia comparativa da visão, Leipzig, 1826) e Über die phantastischen Gesichtserscheinungen (Sobre alucinações visuais, Coblença, 1826), são de uma tendência filosófica subjetiva. O primeiro trabalho diz respeito aos fatos mais importantes sobre a visão humana e animal, o segundo sonda profundidades de difíceis problemas psicológicos. Ele logo se tornou líder na ciência do tratamento morfológico da zoologia, bem como da fisiologia experimental. À sua pesquisa (1830) se deve o estabelecimento da teoria da ação reflexa.
No século anterior ao trabalho de Müller, muitas contribuições para a ciência fisiológica haviam sido feitas. Müller deu ordem a esses fatos, desenvolveu princípios gerais e mostrou aos fisiologistas como as descobertas recentes em física e química poderiam ser aplicadas ao seu trabalho.
O aparecimento de sua magnum opus, Handbuch der Physiologie des Menschen, entre 1833 e 1840 (traduzido para o inglês como Elements of Physiology por William Baly, e publicado em Londres 1837-1843) marcou o início de um novo período no estudo da fisiologia. Nele, pela primeira vez, os resultados da anatomia humana e comparativa, assim como da química e outros departamentos da ciência física, e ferramentas como o microscópio, foram aplicados à investigação de problemas fisiológicos.
A parte mais importante da obra foi a que tratava da ação nervosa e do mecanismo dos sentidos. Aqui ele afirmou o princípio, previamente reconhecido mas não declarado tão claramente, de que o tipo de sensação após a estimulação de um nervo sensorial não depende do modo de estimulação, mas da natureza do órgão do sentido. Assim, luz, pressão ou estimulação mecânica atuando na retina e no nervo óptico invariavelmente produzem impressões luminosas. Isso ele denominou de lei das energias específicas do sentido.
O livro tornou-se o principal livro didático em fisiologia durante grande parte do século XIX. Ele manifesta os interesses de Müller em vitalismo, filosofia e rigor científico. Ele discute a diferença entre matéria inorgânica e orgânica. Ele considera em detalhes vários sistemas fisiológicos de uma ampla variedade de animais, mas atribui o todo indivisível de um organismo à presença de uma alma. Ele também propõe que os organismos vivos possuem uma energia vital para a qual as leis físicas nunca podem explicar completamente.
Edward Forbes F.R.S. em seu A History of British Starfishes, and Other Animals of the Class Echinodermata (1841) em seu prefácio refere-se a Müller como "um dos maiores fisiologistas vivos, Müller de Berlim".
Na parte final de sua vida, ele se dedicou principalmente à anatomia comparada. Peixes e invertebrados marinhos eram seus temas favoritos. Ele fez 19 viagens ao Báltico e Mar do Norte, ao Adriático e ao Mediterrâneo para investigar a vida marinha. Ele escreveu um trabalho abrangente sobre a anatomia de anfíbios, que em sua era incluía répteis. Além disso, ele descreveu várias novas espécies de cobras.
Müller cunhou o termo desmoide, do grego desmos 'semelhante a tendão', em 1838. No mesmo ano, ele também descreveu tumores filoides, que ele chamou de cistosarcoma filoides. Müller orientou cientistas e fisiologistas ilustres como Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Fritz Müller, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Ernst Wilhelm Brücke, Carl Ludwig e Ernst Haeckel. Em 1834, foi eleito membro estrangeiro da Academia Real Sueca de Ciências. Em 1846, a Sociedade Filosófica Americana o elegeu um Membro internacional.
Müller morreu em Berlim em 1858. Em 1899, uma estátua de bronze por Joseph Uphues foi erguida em sua memória em Coblença.
Além de seu Handbuch der Physiologie (traduzido por Baly em 1843: Elements of Physiology), suas publicações incluem:
De Respiratione Fœtus (Leipzig, 1823), uma dissertação premiada
Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtssinns (1826)
Über die phantastischen Gesichtserscheinungen (1826)
Bildungsgeschichte der Genitalien (1830), no qual ele traçou o desenvolvimento do Ducto de Müller