Markus Merk (Kaiserslautern, 15 de março de 1962) é um ex-árbitro de futebol da Alemanha.
Foi o árbitro mais novo a apitar na Bundesliga, com apenas 25 anos, em 1988. Depois apitou nos Jogos Olímpicos de Barcelona, em 1992, e a partir daí começou a sua carreira internacional.
O auge de sua carreira foi ter apitado a final da Euro 2004, entre Portugal e Grécia. Merk ganhou o título de Melhor Árbitro do Mundo em 2004 e 2005, sendo que, além de ter apitado a final da Euro 2004, apitou ainda a final da UEFA Champions League 2002-03, entre Juventus e Milan, ambos da Itália.
Merk apitou ainda alguns jogos do Campeonato Paulista, no Brasil, para adquirir experiência internacional.
Na temporada 2000-01, Merk foi designado para apitar a partida entre Hamburgo e Bayern de Munique, pela última rodada da Bundesliga. O Bayern era líder com três pontos de vantagem sobre o Schalke 04, no entanto, o Schalke tinha vantagem no saldo de gols.
Faltando poucos segundos para o final da partida, o Hamburgo vencia o líder Bayern de Munique por 1-0, enquanto o Schalke havia vencido o SpVgg Unterhaching por 5-3. Aos 93 minutos de jogo, Merk concedeu uma falta muito controversa para o Bayern, convertida em gol por Patrik Andersson. O jogo terminou em 1-1, e o Bayern de Munique conquistou o título da Bundesliga 2000-01. Markus Merk sofreu duras críticas e chegou a ser agredido por torcedores do Schalke 04.
Após as agressões, Merk nunca mais apitou um jogo na Arena AufSchalke, estádio do Schalke.
Além de árbitro, Markus Merk também trabalhou como dentista até 2005.
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