A Mata Atlântica é um bioma de floresta tropical que abrange a costa leste, nordeste, sudeste e sul do Brasil, leste do Paraguai e a província de Misiones, na Argentina. Seus processos ecológicos evoluíram a partir do Eoceno, quando os continentes já estavam relativamente dispostos como estão hoje. A região é ocupada por seres humanos há mais de 10 000 anos. A partir da colonização europeia, e principalmente, no século XX, a Mata Atlântica passou por intenso desmatamento, restando menos de 20% da cobertura vegetal original.
É um grande centro de endemismo e suas formações vegetais são extremamente heterogêneas, indo desde campos abertos em regiões montanhosas até florestas chuvosas perenes nas terras baixas do litoral. A fauna abriga diversas espécies endêmicas, e muitas são carismáticas, como o mico-leão-dourado e a onça-pintada. O WWF dividiu a Mata Atlântica em 15 ecorregiões, visando manter ações mais regionalizadas na conservação, já que o grau de desmatamento e as ações conservacionistas são específicas para cada região abrangida pelo bioma.
Atualmente, cerca de 16% da cobertura original existe, a maior parte em pequenos fragmentos, de floresta secundária. No Brasil, restam cerca de 15,3% (a maior parte na Serra do Mar), no Paraguai, cerca de 15% e na Argentina, 45% da vegetação. Na conservação da Mata Atlântica brasileira, a criação de dois corredores ecológicos ligando os principais remanescentes de floresta no sul da Bahia e norte do Espírito Santo (Corredor Central) e os fragmentos na região da Serra do Mar e da Serra dos Órgãos (Corredor da Serra Mar) são de suma importância na conservação da biodiversidade.
Os remanescentes do Paraguai e Argentina fazem parte de uma estratégia trinacional de conservação, com a criação de corredores unindo as principais unidades de conservação desses países e outras quatro unidades de conservação do Brasil. Na Argentina, restam cerca de 10 000 km², o que representa o maior trecho contínuo de "mata Atlântica do Interior". A Lei do Corredor Verde é uma tentativa de resguardar legalmente esses pedaços de floresta na Argentina. No Paraguai, o desmatamento se deu principalmente a partir da década de 1980 e as unidades de conservação são poucas e na maior parte particulares. Apesar do alto grau de desmatamento, a região da Mata Atlântica é a que mais possui unidades de conservação na América Latina, apesar de muitas serem pequenas e insuficientes para manutenção de processos ecológicos e biodiversidade.
Em 1824, Martius descreve um tipo de vegetação brasileira a que ele chamou "Matto-virgem [Urwäldern] do litoral", ou "Matta Geral". O mesmo autor, em 1837, denominou a área fitogeográfica do litoral do Brasil como Regio montano-nemorosa ou Dryas, renomeada em 1858 como Dryades.
Nos anos de 1850, Burmeister a chamaria Südöstliches Urwald- oder Küstengebiet, "região das matas virgens do sudeste ou costeiras".
Dentre os primeiros autores a usar como referência o nome do adjacente oceano Atlântico, estão Wappäus (1884), que usou os termos "zona do litoral", "zona da mata virgem da costa oriental", "zona das florestas virgens do Atlântico" e "matta virgem da costa do Atlântico".
A expressão Mata Atlântica pode ser usada em ao menos dois sentidos: Mata Atlântica sensu stricto e Mata Atlântica sensu lato.
Alguns autores, como Ferri (1980), Leitão Filho (1987) e Veloso et al. (1992) restringem a aplicação do termo Mata Atlântica (sensu stricto) às áreas de Floresta Ombrófila Densa do litoral. Para Joly et al. (1991), tal Mata Atlântica sensu stricto (ou Floresta Pluvial Atlântica) das regiões sudeste e sul apresenta três formações florestais distintas, segundo critérios fisionômicos, florísticos e de origem: Matas de Planície Litorânea, Matas de Encostas e Matas de Altitude.
Segundo Joly et al. (1991, 1999) e Rizzini (1997) Mata Atlântica (sensu lato) se refere à vegetação que, ocorre ao longo de todo o litoral brasileiro, do Rio Grande do Norte ao Rio Grande do Sul, estendendo-se para o interior nas regiões sul e sudeste (nos estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo, São Paulo, Paraná e Santa Catarina, e partes de Minas Gerais, Rio Grande do Sul, além de Paraguai e Argentina), sendo característica das Serras do Mar e da Mantiqueira. Apresenta os seguintes tipos de vegetação: Floresta Ombrófila Densa (Mata Atlântica sensu stricto), Floresta Ombrófila Mista (Mata de Araucária) e Floresta Estacional Semidecidual e Decidual (Mata Seca, ou Mata Atlântica do Interior, ou Mata de Planalto), além de ecossistemas associados, que são os campos sulinos e as áreas de influência flúvio-marinha (manguezais e restingas).
A história da Mata Atlântica tem seu início há 50 milhões de anos, quando o continente sul-americano já era uma massa de terra isolada e suas formas de vida passaram a evoluir localmente, sem transtornos geológicos adicionais. Ao longo desse tempo, no período Quaternário, a floresta passou por períodos de fragmentações e expansões, em decorrências das inúmeras eras Glaciais que ocorreram durante esse período. Nos períodos em que o planeta se encontrava com temperaturas mais baixas, os refúgios eram centros em que a biodiversidade florestal evoluía de forma isolada. Essa hipótese pode explicar a enorme diversidade desse bioma, tal como seu alto grau de endemismo. É notável que exatamente o sul da Bahia, norte do Espírito Santo e litoral de Pernambuco são centros de endemismo na Mata Atlântica e os registros de pólen demonstram que tais regiões eram refúgios no final do Pleistoceno. Concomitante a relativa estabilidade no nordeste brasileiro, havia uma instabilidade climática à sudeste, embora isso parece não ter evitado endemismo de alguns táxons de anfíbios amplamente distribuídos. Essa instabilidade climática no sudeste e sul do Brasil tinha como consequência o surgimento de outras fitofisionomias que não eram florestadas: estudos paleoclimáticos utilizando pólen demonstram que o sudeste e sul passaram por inúmero momentos em que as florestas eram substituídas por formações abertas, como pradarias. Mais especificamente, a Mata de Araucária, chegou a ocorrer até a latitudes em torno de 19º (muito ao norte do que ocorre atualmente) durante as glaciações, sendo substituída pela floresta estacional semidecidual há cerca de 10 000 anos, quando o clima voltou a ficar mais quente.
A primeira leva de colonizadores humanos na região da Mata Atlântica ocorreu há entre 12 e 10 mil anos, como evidenciado por achados arqueológicos em Lagoa Santa, Minas Gerais. Esses colonizadores já impactaram o ambiente com atividades agricultoras itinerantes (atividades agrícolas em sistemas agroflorestais, baseado em queimada e derrubada, principalmente do sub-bosque) após sua chegada, principalmente em regiões em que as queimadas para o cultivo eram mais frequentes, ocorrendo savanização. Existe a hipótese de que os pampas surgiram decorrente das intensas queimadas provocadas por povos indígenas, já que vestígios mostram que a região era florestada há cerca de 5 mil anos. É provável que toda a mata da baixada litorânea tivesse sido, pelo menos uma vez, modificada para o cultivo pelos Tupis. É interessante que uma das fitofisionomias mais conhecidas, a Mata de Araucária atual, pode ter surgido decorrente do manejo feito por agricultores itinerantes da Araucaria angustifolia. Também, a agricultura itinerante é praticada até hoje por vários grupos caiçaras e quilombolas do litoral do Rio de Janeiro e São Paulo.
Com a chegada dos portugueses, a partir de 1500, inicia-se uma nova fase da exploração da Mata Atlântica. O pau-brasil foi o principal alvo de extração e exportação dos exploradores que colonizaram a região, no início da colonização pelos europeus. O primeiro contrato comercial para a exploração do pau-brasil foi feito em 1502, o que levou o Brasil a ser conhecido como "Terra Brasilis", ligando o nome do país à exploração dessa madeira avermelhada como brasa.
Nota-se que a colonização europeia e posterior dizimação dos povos indígenas, acabou por interromper um processo de degradação da floresta por meio da agricultura itinerante dos tupis, pois criou imensos espaços vazios, o que contribuiu (embora não propositalmente) para a conservação da floresta primária e recuperação de muitas áreas secundárias: a extração do pau-brasil e os cultivos de cana-de-açúcar e trigo, embora extremamente degradadores em âmbito local, não foram preponderantes para a destruição da vegetação "globalmente", que permaneceu conservada em grande parte de sua ocorrência até pelo menos, o século XIX. Entretanto, não havia uma "consciência ecológica", ou qualquer preocupação com o uso do solo, e cada vez mais, havia uma divisão clara entre o que era civilização e "mundo natural", que passava, inclusive, a ser desprezado pelos "brancos". Ao contrário do que havia ocorrido em suas colônias na Ásia, os portugueses não demonstravam grande interesse pela biota americana, com exceção de alguns jesuítas: este fato foi mudar a partir do século XIX, com a chegada do rei D. João VI ao Brasil em 1808, permitindo, inclusive, a entrada de cientistas que não eram portugueses. Mas, o incentivo da Coroa Portuguesa em se conhecer a Mata Atlântica era mais por motivos econômicos, do que por "curiosidade": o objetivo era conhecer a região para que fosse possível fazer a introdução de espécies exóticas tropicais, vindas da África e Ásia.