O Museu Nacional, vinculado à Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), é a mais antiga instituição científica do Brasil que, até setembro de 2018, figurou como um dos maiores museus de história natural e de antropologia das Américas. Localiza-se no interior do parque da Quinta da Boa Vista, na cidade do Rio de Janeiro, estando instalado no Palácio de São Cristóvão. O palácio serviu de residência à família real portuguesa de 1808 a 1821, abrigou a família imperial brasileira de 1822 a 1889 e sediou a primeira Assembleia Constituinte Republicana de 1889 a 1891, antes de ser destinado ao uso do museu, em 1892. O edifício é tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN) desde 1938. Fundado por Dom João VI em 6 de junho de 1818 sob a denominação de Museu Real, o museu foi inicialmente instalado no Campo de Santana, reunindo o acervo legado da antiga Casa de História Natural, popularmente chamada "Casa dos Pássaros", criada em 1784 pelo Vice-Rei Dom Luís de Vasconcelos e Sousa, além de outras coleções de mineralogia e zoologia. A criação do museu visava atender aos interesses de promoção do progresso socioeconômico do país através da difusão da educação, da cultura e da ciência. Ainda no século XIX, notabilizou-se como o mais importante museu do seu gênero na América do Sul. Foi incorporado à Universidade Federal do Rio de Janeiro em 1946.
O Museu Nacional abrigava um vasto acervo com mais de 20 milhões de itens, englobando alguns dos mais relevantes registros da memória brasileira no campo das ciências naturais e antropológicas, bem como amplos e diversificados conjuntos de itens provenientes de diversas regiões do planeta, ou produzidos por povos e civilizações antigas. Formado ao longo de mais de dois séculos por meio de coletas, escavações, permutas, aquisições e doações, o acervo era subdividido em coleções de geologia, paleontologia, botânica, zoologia, antropologia biológica (incluindo-se neste núcleo os remanescentes do esqueleto de Luzia, o mais antigo fóssil humano das Américas), arqueologia e etnologia. Foi a principal base para as pesquisas realizada pelos departamentos acadêmicos do museu — que desenvolve atividades em todas as regiões do país e em outras partes do mundo, incluindo o continente antártico. Possui uma das maiores bibliotecas especializadas em ciências naturais do Brasil, com mais de 470 000 volumes e 2 400 obras raras.
No campo do ensino, o museu oferece cursos de extensão, especialização e pós-graduação em diversas áreas do conhecimento, além de realizar exposições temporárias e atividades educacionais voltadas ao público em geral. Administra o Horto Botânico, ao lado do Palácio de São Cristóvão, além do campus avançado na cidade de Santa Teresa, no Espírito Santo — a Estação Biológica de Santa Lúcia, mantida em conjunto com o Museu de Biologia Professor Mello Leitão. Um terceiro espaço no município de Saquarema é utilizado como centro de apoio às pesquisas de campo. Dedica-se, por fim, à produção editorial, destacando-se nessa vertente a edição dos Arquivos do Museu Nacional, o mais antigo periódico científico brasileiro especializado em ciências naturais, publicado desde 1876.
Na noite de 2 de setembro de 2018, um incêndio de grandes proporções atingiu a sede do Museu Nacional, destruindo a quase totalidade do acervo em exposição, uma perda inestimável e incalculável para formação histórica e cultural não só do país mas do mundo. Foram perdidos registros de dialetos e cantos indígenas de comunidades que já se extinguiram, afirmou o historiador Daniel Tutushamum Puri. O edifício que abriga o museu também resultou extremamente danificado, com rachaduras, desabamento de sua cobertura, além da queda de lajes internas.
Em 17 de janeiro de 2019 o Museu Nacional inaugurou sua primeira exposição após o incêndio que destruiu seu acervo. O acervo das pesquisas sobre fósseis de animais marinhos, elaborado por funcionários da instituição, foi exposto no prédio da Casa da Moeda. O público pôde encontrar fósseis de 80 milhões de anos.
Em 2019 o Museu Nacional teve disponível uma verba de 85,4 milhões de reais para uso nas obras de recuperação do acervo e infraestrutura. Essa verba foi recebida após a repercussão do incidente, que provocou manifestações denunciando o descaso do governo, e debates acalorados em redes sociais em torno da manutenção da instituição histórica. Dos R$ 85,4 milhões de reais destinados ao Museu Nacional, R$ 55 milhões virão do Orçamento da União para 2019 que foi aprovado pelo Congresso Nacional em 19 de dezembro de 2018. A verba foi indicada por deputados da bancada do Rio de Janeiro e apresentada como emenda impositiva, aprovada pela Comissão Mista de Orçamento.
Em 2 de setembro de 2022, o Museu Nacional reinaugurou a fachada e o jardim do terraço. Em comemoração dos 200 anos da Independência do Brasil, algumas exposições também foram abertas em diferentes áreas do museu.
Entre 2 de julho e 31 de agosto de 2025, o museu reabriu ao público de forma parcial e temporária, pela primeira vez desde o incêndio, com a exposição “Entre Gigantes – Uma Experiência no Museu Nacional” ocupando três espaços internos restaurados do palácio.
A reconstrução do museu segue em etapas, com financiamento público e privado — R$ 50 milhões destinados pelo Governo Federal em 2023-2024 — e a reabertura total está prevista para 2026, quando todo o circuito expositivo deverá ser devolvido à visitação.
A instituição remonta ao Museu Real, fundado por Dom João VI (1816-1826) em 1818, numa iniciativa para estimular o conhecimento científico no Brasil. Inicialmente o museu abrigou coleções de materiais botânicos, de animais empalhados, de minerais, de numismática, de obras de arte e de máquinas. Herdou algumas das aves empalhadas da antiga Casa dos Pássaros, primeiro museu de história natural brasileiro, fundado pelo vice-rei Dom Luis de Vasconcelos. A primeira sede do Museu Real localizava-se no Campo de Santana, no centro da cidade, em um prédio mais tarde ocupado pelo Arquivo Nacional.
Com o casamento do príncipe Dom Pedro I com a princesa Maria Leopoldina de Áustria, vieram para o Brasil importantes naturalistas europeus, como Johann Baptiste von Spix e Carl Friedrich Philipp von Martius, que trabalharam para o museu. Outros pesquisadores europeus, como Auguste de Saint-Hilaire e Georg Heinrich von Langsdorff, contribuíram, ao longo do século XIX, para a coleção de exemplares naturais e etnológicos da instituição, nas respectivas expedições pelo país.
Particularmente, após a declaração da Independência em 1822 e a nomeação como ministro do Tribunal de José Bonifácio de Andrada e Silva, um reformador iluminado e ele próprio um mineralogista treinados, gestores públicos e museu insistentemente reivindicado para a instituição local uma parte justa dos itens coletados - e, portanto, soltar uma briga eterna entre viajantes estrangeiros e museólogos brasileiros que atingiria o seu pico quando o Império se desfez. Posição do museu neste debate implícito na territorialidade, entretanto, foi enfraquecido pelo fato de que bem na segunda metade do século, a fim de adquirir coleções, que tinha pouca escolha que não para comprá-las de estrangeiros especialistas, como a coleção de minerais Werner, comprada do geólogo alemão Pabst von Ohain em 1818 em 12 mil réis.[carece de fontes?]
Em 1844, apenas quatro anos após a Declaração da Maioridade que trouxe Dom Pedro II ao poder, o diretor do museu à época, Frei Custódio Alves Serrão, redigiu um relatório apontando problemas no museu devido a falta de recursos para sua manutenção. O relatório foi publicado pouco tempo após um corte orçamentário aprovado pelo Senado do Império, e apontava condições precárias na infraestrutura do edifício que abrigava o museu, na época localizado em sua primeira sede, no Campo de Santana.
No decorrer do século XIX, refletindo tanto as preferências do Imperador Pedro II quanto o interesse do público europeu, o Museu Nacional passou a investir nas áreas da antropologia, paleontologia e arqueologia. O próprio Imperador, um entusiasta de todos os ramos da ciência, contribuiu com diversas peças de arte egípcia, fósseis e exemplares botânicos, entre outros itens, obtidos por ele em suas viagens. Desta forma o Museu Nacional se modernizou e tornou-se o centro mais importante da América do Sul em História Natural e Ciências Humanas.[carece de fontes?]