O Segundo Concílio de Constantinopla (que acredita-se ter sido o Quinto Concílio Ecumênico da Igreja) foi um concílio ecumênico realizado na cidade de Constantinopla de 5 de maio a 2 de junho do ano 553. Foi convocado pelo imperador bizantino Justiniano I, com participação majoritária de bispos orientais; apenas dezesseis bispos ocidentais estavam presentes, vindos das províncias romanas da África Proconsular e da Ilíria. O presidente foi o bispo Eutíquio, Patriarca de Constantinopla.
O II Concílio de Constantinopla é reconhecido tanto pela Igreja Católica Romana, como pela Igreja Ortodoxa Oriental e pelos velhos católicos, entre outros. Entre os protestantes há vários reconhecimentos variados. Os calvinistas e os luteranos, reconhecem os primeiros quatro concílios, enquanto a maioria dos anglo-católicos aceita todos os sete.
Os participantes eram predominantemente bispos orientais - apenas dezesseis bispos ocidentais estavam presentes, incluindo nove da Ilíria e sete da África, mas nenhum da Itália, de um total de 166 bispos. O principal trabalho do concílio foi confirmar a condenação emitida pelo decreto de 551 do Imperador Justiniano contra os Três Capítulos. Estes foram os escritos cristológicos e, finalmente, a pessoa de Teodoro de Mopsuéstia († 428), certos escritos contra 'as doze anátemas' de Cirilo de Alexandria, aceitas no Concílio de Éfeso; os escritos por Teodoreto de Cirro († 466), e uma carta escrita contra Cirilianismo e o Concílio de Éfeso por Ibas de Edessa († 457).
O propósito da condenação era deixar claro que a grande Igreja Católica, que seguia um credo calcedoniano, se opunha firmemente ao nestorianismo, apoiado pela escola antioquena, que havia assistido Nestório, o heresiarca homônimo, ou inspirado o ensino pelo qual ele era anatematizado e exilado. O Concílio também condenou o ensinamento de que a Virgem Maria não poderia ser corretamente chamada de Mãe de Deus (do grego Teótoco), mas apenas a mãe do homem (Antropótoco) ou a mãe de Cristo (Christótoco). O segundo Concílio de Constantinopla finalmente proclamou a "Virgindade perpétua de Maria". (cânon 2)
Justiniano esperava que isso contribuísse para uma reunião entre os calcedonianos e monofisistas nas províncias orientais do Império. Várias tentativas de reconciliação entre esses partidos dentro do Império Bizantino foram feitas por muitos imperadores durante os quatro séculos seguintes ao Concílio de Éfeso, nenhum deles bem-sucedido. Algumas tentativas de reconciliação, como essa, condenam os Três Capítulos e a anatematização póstuma sem precedentes de Teodora - que já foi amplamente considerada como um pilar da ortodoxia -, provocando mais cismas e heresias no processo, como o cisma supramencionado dos Três Capítulos e os compromissos emergentes de semi-monofisismo de monoenergismo e monotelismo. Essas proposições afirmam, respectivamente, que Cristo não possuía energia humana, mas apenas uma função divina ou princípio de operação (propositalmente formulado de maneira equívoca e vaga, e promulgada entre 610 e 622 pelo imperador Heráclio sob o conselho do patriarca Sérgio I de Constantinopla e que Cristo não possuía vontade humana, mas apenas uma vontade divina, "vontade" sendo entendida como significando os desejos e apetites de acordo com a natureza (promulgada em 638 pelo mesmo e oposta principalmente por Máximo, o Confessor).
No Concílio, a doutrina chamada apocatástase também foi condenada como heresia.
O concílio foi a última fase de um conflito longo e tumultuado que começou com um édito do imperador bizantino Justiniano em 543 contra Orígenes e o chamado origenismo. Justiniano se convenceu que o nestorianismo continuava a ganhar força por causa dos escritos de Teodoro de Mopsuéstia († 428), Teodoreto († 457) e Ibas de Edessa († 457), sendo que as obras de Teodoro e de Teodoreto eram muito admiradas dentro da Igreja.
O Concílio foi presidido por Eutíquio, Patriarca de Constantinopla, assistido pelos outros três patriarcas orientais ou seus representantes. O papa Vigílio também foi convidado; mas mesmo estando nesse período residindo em Constantinopla (para evitar os perigos de vida na Itália, convulsionado pela guerra contra os ostrogodos), ele se recusou a comparecer e até mesmo emitiu um documento proibindo o concílio de precedê-lo sem ele (seu pai). No entanto, o concilio prosseguiu sem o papa e durante a sétima sessão do concílio, os bispos pediram que Vigílio, por sua recusa em comparecer ao concílio e aprovar seus procedimentos, fosse efetivamente excomungando pessoalmente, mas não o restante da Igreja Ocidental.
De acordo com o Livro dos Pontífices, a 20 de Novembro, enquanto o papa celebrava missa em honra de Santa Cecília na igreja que leva o nome desta santa em Trastevere, e antes da missa acabar, Vigílio foi intimado por oficiais imperiais a viajar imediatamente para Constantinopla. O papa foi levado para um barco ancorado no Tibre, enquanto a população o amaldiçoava e atirava pedras contra o barco. Roma estava outra vez cercada pelos ostrogodos chefiados por Tótila e a população vivia na maior das misérias. Vigílio tentou enviar navios carregados de trigo a Roma, mas foram capturados pelo inimigo. O papa terá deixado Roma provavelmente a 22 de novembro de 545. Permaneceu longo tempo na Sicília e só chega a Constantinopla em Janeiro de 547, onde foi detido em Constantinopla contra sua vontade em 547 d.C. por ordens do imperador e seus conselheiros foram exilados.
Ainda que ele condenasse os Três Capítulos, Vigílio defendeu a autoridade do Concílio de Calcedônia (451), no qual Teodoreto e Ibas foram reabilitados após Nestório ter sido condenado. Muitos no Ocidente viram nisto um enfraquecimento da Igreja perante os poderes laicos e uma injustiça para com pessoa há muito falecidas. Além disso, os líderes da Igreja no Ocidente não tinham conhecimentos acurados sobre a situação teológica no oriente. Vigílio persuadiu o imperador Justiniano a proclamar uma trégua até que um concílio ecumênico pudesse ser chamado à decidir sobre estes assuntos. Porém, em 551, o imperador, com o apoio dos bispos orientais, publicou um édito renovando a condenação dos Três Capítulos.
Vigílio estava virtualmente aprisionado pelas autoridades civis e posteriormente se retirou para Calcedônia, na igreja de Santa Eufêmia, onde o grande concílio tinha se realizado. De lá, ele buscou informar a Igreja de sua precária situação, o que fez com que os bispos orientais o procurassem para se reconciliar. Eles persuadiram-no a retornar para a cidade e retiraram a condenação aos Três Capítulos. O novo Patriarca de Constantinopla, Eutiquio, apresentou, em 6 de janeiro de 553, sua profissão de fé para Vigílio e, em comunhão com os bispos orientais, solicitou a realização urgente do concílio geral. Vigílio estava tentado a convocá-lo, mas sugeriu que ele se encontrasse numa cidade ou na península Itálica ou na Sicília, de modo a garantir a presença dos bispos ocidentais. Porém, Justiniano não concordou e, em vez disso, propôs uma comissão composta de delegados de cada um dos patriarcados. Vigílio sugeriu que um número igual fosse escolhido do oriente e do ocidente, mas isso não era aceitável para o imperador, que convocou o concílio utilizando sua própria autoridade. Oito sessões foram realizadas, o resultado das quais foi condenação dos Três Capítulos pelos 165 bispos presentes à última delas, em 2 de junho de 553.
Em 8 dezembro de 553, o papa Vigílio após um longo exame de seis meses e seguindo o "conselho de Agostinho" concordou em condenar os Três Capítulos, alegando que sua hesitação se devia ao fato de ter sido enganado por seus conselheiros. Sua aprovação do Concílio foi expressa em dois documentos, uma carta para o patriarca Eutíquio de Constantinopla, em 8 de dezembro de 553, e um segundo "Constitutum" de 23 de fevereiro de 554, assinada por mais 16 bispos, em sua maioria do ocidente, provavelmente endereçado ao episcopado ocidental, condenando os Três Capítulos, e 60 proposições de Teodoro de Mopsuéstia, no entanto, por sua própria autoridade e sem menção do concílio. Porém, Teodoro em pessoa não condenado, assim como também não foram as obras de Teodoreto e de Ibas.